A mon avis, c'est l'encodage du fichier qui est comme ça... J'ai jamais vu un codec le faire uniquement au décodage, mais c'est vrai que j'utilise pas de packs de codecs.
Ben pour le savoir, suffit de comparer plusieurs vidéos encodées avec le même codec. Si elles le font toutes, c'est un problème de décodage, sinon, c'est la vidéo en particulier qui est mal encodée.