Salut,
Audacity ira très bien et en mono si ce n'est pas pour une diffusion ça ira (de toute façon tu n'as pas de micro stéréo apparemment)
Du 16bit44Khz c'est déja de la super qualité, c'est la qualité CD.
Je te conseille d'enregistrer en wav puis de le compresser après coup au format de ton choix pour ne pas faire ramer le pc avec un encodage pendant qu'il enregistre (d'ailleurs je ne sais même pas si on peut enregistrer directement dans un format compressé)
Pour la compression, même du mp3 ira très bien tant que tu ne mets pas la qualité trop bas (du 256k ou 320k est excellent, généralement même des musiciens ne distinguent pas la différence en blind test malgré qu'ils clament le contraire!) sinon le flac est sans perte mais pas lu par tous les lecteurs, le ogg est très bien aussi. La différence de poids entre divers formats de compression, sauf les sans perte comme flac, sera négligeable.
Tu peux tenter après coup divers traitements, joue aussi avec l'égaliseur pour tenter de récupérer l'intelligibilité au maximum.
Le seul truc où tu vas vraiment perdre beaucoup de qualité c'est le placement/qualité du micro, si tu peux, fais des essais avant dans la même pièce pour voir où placer le pc.