La solution que je peux te proposer n'est sans doute pas la plus simple ni la plus efficace, mais elle te permettra peut-être de t'amuser dans l'attente de réponses plus pertinentes.
Je ne connais aucun logiciel qui permette de réaliser ce que tu souhaites. Aussi je te propose d'en utiliser deux, l'un pour créer le fichier .cue, l'autre pour la fusion des mp3 en un seul fichier.
• FICHIER .CUE
Avec foobar2000 et un composant nommé foo_cuesheetcreator, la création d'un fichier .cue est enfantine. Tellement simple que j'ai oublié comment l'on procède. Si tu n'es pas familier de foobar2000, installe ce lecteur audio, et place le composant "cuesheetcreator" dans le dossier /foobar2000/component/
Puis charge les fichiers dont tu souhaites la fusion dans le lecteur, et ensuite - de mémoire - tu fais un click droit, et recherche dans le menu contextuel un commande qui ressemble à "create cuesheet". Ton fichier sera sauvé là où tu le souhaitera.
Reste ensuite à fusionner les MP3 entre eux.
• CONCATENATION DES MP3
Une pléthore de logiciels permettent de faire cela : http://mp3-joiner.qarchive.org/
Certains sont payants, d'autres non. Le logiciel MP3DirectCut n'est peut-être pas le plus convivial, mais ce couteau suisse du MP3 présente l'avantage d'être entièrement gratuit. Je pense cependant qu'il existe de meilleurs logiciels que mp3directcut pour cette opération parmi ceux qui ne sont pas payants ; je te laisse le soin de les découvrir (google: merge mp3).
Une fois que sont créé ton gros MP3 et petit .cue, assure toi qu'ils soient bien en harmonie (il faut que soit indiqué dans le fichier .cue le chemin exact du MP3 en question ; l'édition se fait avec notepad).