Bon déjà à ma connaissance Apache se lance dans une fenêtre visible, mais j'ai une vieille version c peut-etre pour ça.
Donc pour répondre à ta question, c pas possible. Ce qui serait possible ce serait de créer un "lanceur" qui lancerait ton programme DOS de manière invisible (le lanceur étant lui même invisible).
Pour arrêter ton serveur, pas d'autre moyen ke de trouver la commande ou le parmètre... Essaye nom_du_serveur.exe /? ou /help ou /h enfin tu vois le genre.