4 tables :
domaine (dom_id)
equipement (equ_id)
domequ (dom_id, equ_id)
travaux (dom1_id, equ1_id, dom2_id, equ2_id)
avec :
FK1 sur domequ sur (dom_id) pointant sur domaine (dom_id)
FK2 sur domequ sur (equ_id) pointant sur equipement (equ_id)
FK3 sur travaux sur (dom1_id, equ1_id) pointant sur domequ (dom_id, equ_id)
FK4 sur travaux sur (dom2_id, equ2_id) pointant sur domequ (dom_id, equ_id)
A moins qu'un équipement ne puisse être rattaché qu'à un domaine, à ce moment, domequ disparaît et tu rajoutes dom_id à equipement, et les FK3 et FK4 pointent sur equipement