La véritable question qu'il faut se poser, quand tu veux séparer en bases distinctes c'est : "est-ce que je peux me permettre de mettre ces tables là sur un serveur, et ces autres sur un autre, sans aucun espoir de faire communiquer les deux serveurs ? est-ce que ça va m'embêter pour plus tard ?"
si ce raisonnement pose un problème, alors t'investi dans un disque plus gros et plus rapide, et tu conserves une unique base.
si la séparation complète des données ne pose pas de problème, alors tu peux sans problème créer plusieurs bases.
attention cependant : un disque est limité à une tête de lecture, et les couches bas niveau d'un système de fichier sont limitées à un fichier ouvert à la fois. deux bases, ça implique deux fichiers. si pour diverses raisons tu as des accès concurrents sur plusieurs bases à la fois, les perfs seront inférieures à une seule base avec tout dedans. il faut donc dans la mesure du possible séparer sur des disques physiques les données de chaque base. en revanche, le jour où tu as un serveur dédié par base, t'as des perfs vraiment accrues...