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[Perl] fonction sysread

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Auteur	Sujet : [Perl] fonction sysread

suomi

Bonjour,
je débute à la fois en python et en perl.
J'ai fait un script en python qui marche bien, et je veux faire le même en Perl.

Cependant je suis en train de butter sur la fonction Sysread de perl.

Ce script a pour but de recolter 50 caractères d'une chaine de caractères. Je vous expose ici que la fonction du programme:

Voila en python se que ma fonction donne:

Code :

def collect():
#Cette fonction permet de récolter les nucleotides par paquet de 50
#pour chaque ligne
paq=fsource.read(50)
fnuc.write(paq)
fnuc.write("\n" )

fsource est donc la variable qui correspond à mon fichier ouvert.
fnuc est la variable qui écrit mes 50 caractères dans un nouveau fichier.

En perl j'en suis là:

Code :

sub collect()
{
$paq=sysread(fsource,$paq,length(50)));
syswrite(fnuc,$paq,length($paq));
syswrite(fnuc,$paq,length(2));
}

En fait je ne sais pas quoi mettre après fsource? Certainement pas $paq :??:

Merci pour votre aide!

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burgergold

5$? va chez l'diable!

on peut voir le reste de ton code?

suomi

python:

Code :

#! /usr/bin/env python2
import sys,time
start = time.clock()
n=0
#------FONCTION COLLECT-------
def collect():
#Cette fonction permet de rйcolter les nucleotides par paquet de 50
#pour chaque ligne
paq=fsource.read(50)
fnuc.write(paq)
fnuc.write("\n" )
#-----------------------------
#Calcul du nombre de ncl dans la sequence
i=len(sys.argv[1])
#Debut du programme:
fsource=open(sys.argv[1],"r" ) #ouverture du fichier source fsource
fnuc=open(sys.argv[2],"w" ) #creation et ouverture du fichier fasta
while n<=i:
collect()
n+=1
fnuc.close()
fsource.close()
end = time.clock()
print "\n","Execution en",end-start,"sec \n"

Perl:

Code :

$n=0
open(fsource,"$ARGV[0]" );
open(fnuc,">$ARGV[1]);
$i=length(<fsource> );
while ($n<=$i)
{
&collect();
$n=$n+1;
}
close fsource;
close fnuc;
sub collect()
{
$paq=sysread(fsource,$paq,length(50)));
syswrite(fnuc,$paq,length($paq));
syswrite(fnuc,$paq,length(2));
}

Message édité par suomi le 22-11-2004 à 12:52:35

burgergold

5$? va chez l'diable!

moi je le ferais comme ca

Code :

#!/usr/bin/perl
use strict;
open(FENT, '< ' $ARGV[0]);
my @lines = <FENT>;
close(FENT);
my $paq = join("", @lines);
$paq =~ s/\n//g;
open(FSOR, '> ' $ARGV[1]);
for (my $i = 1; $i * 50 < length($paq) + 50; $i++) {
if (($i * 50) - 1) <= length($paq)) {
print FSOR substr($paq, ($i - 1) * 50, ($i * 50) - 1) . "\n";
}
else {
print FSOR substr($paq, ($i - 1) * 50, length($paq) - 1) . "\n";
}
}
close(FSOR);

le code a pas été testé mais ca doit pas être loin de ca
javais pas le temps ce matin (7hrs36 ici)
je dois partir, ce soir je regarderai du coté de sysread, ca semble plutot bien comme truc effectivement

burgergold

5$? va chez l'diable!

sinon selon moi, ton sysread devrait être

Code :

sysread(fsource, $paq, 50));

et non

Code :

$paq=sysread(fsource,$paq,length(50)));

et tes syswrite remplacés par ca

Code :

print fnuc $paq . "\n";

suomi

Burgergold a écrit :

sinon selon moi, ton sysread devrait être

Code :

sysread(fsource, $paq, 50));

[/cpp]

Merci pour tes reponses.
J'ai rentré ton code mais il ne marche pas...

J'avoue que si mon code peut marcher ça m'arrangerai.
Je pense que ma synthaxe n'etait pas bonne et que le tienne pour le sysread est ok.
Cependant, lorsque j'ajoute un print $paq, il ne m'affiche rien.
Il faut encore chercher....

pospos

syswrite et sysread renvoie le nombre d'octets lus ou ecrit

perldoc:

#############
## sysread ##
#############
sysread FILEHANDLE,SCALAR,LENGTH,OFFSET
sysread FILEHANDLE,SCALAR,LENGTH
Attempts to read LENGTH *characters* of data into variable
SCALAR from the specified FILEHANDLE, using the system call
read(2). It bypasses buffered IO, so mixing this with other
kinds of reads, "print", "write", "seek", "tell", or "eof" can
cause confusion because stdio usually buffers data. Returns the
number of characters actually read, 0 at end of file, or undef
if there was an error. SCALAR will be grown or shrunk so that
the last byte actually read is the last byte of the scalar after
the read.

Note the *characters*: depending on the status of the
filehandle, either (8-bit) bytes or characters are read. By
default all filehandles operate on bytes, but for example if the
filehandle has been opened with the ":utf8" I/O layer (see
"open", and the "open" pragma, open), the I/O will operate on
characters, not bytes.

An OFFSET may be specified to place the read data at some place
in the string other than the beginning. A negative OFFSET
specifies placement at that many characters counting backwards
from the end of the string. A positive OFFSET greater than the
length of SCALAR results in the string being padded to the
required size with "\0" bytes before the result of the read is
appended.

There is no syseof() function, which is ok, since eof() doesn't
work very well on device files (like ttys) anyway. Use sysread()
and check for a return value for 0 to decide whether you're
done.

##############
## syswrite ##
##############
syswrite FILEHANDLE,SCALAR,LENGTH,OFFSET
syswrite FILEHANDLE,SCALAR,LENGTH
syswrite FILEHANDLE,SCALAR
Attempts to write LENGTH characters of data from variable SCALAR
to the specified FILEHANDLE, using the system call write(2). If
LENGTH is not specified, writes whole SCALAR. It bypasses
buffered IO, so mixing this with reads (other than sysread()),
"print", "write", "seek", "tell", or "eof" may cause confusion
because stdio usually buffers data. Returns the number of
characters actually written, or "undef" if there was an error.
If the LENGTH is greater than the available data in the SCALAR
after the OFFSET, only as much data as is available will be
written.

An OFFSET may be specified to write the data from some part of
the string other than the beginning. A negative OFFSET specifies
writing that many characters counting backwards from the end of
the string. In the case the SCALAR is empty you can use OFFSET
but only zero offset.

Note the *characters*: depending on the status of the
filehandle, either (8-bit) bytes or characters are written. By
default all filehandles operate on bytes, but for example if the
filehandle has been opened with the ":utf8" I/O layer (see
"open", and the open pragma, open), the I/O will operate on
characters, not bytes.

suomi

:bounce:
Un petit Up car marche toujours pas
Merci pospos pour ces détails, mais j'ai du mal à cerner SCALAR.

Dans ma fonction sub collect, lorsque je fais un print fsource, il ne m'affche rien. ça défile mais avec rien comme caractères.
Par contre lorsque je fais un print de fsource hors de la fonction ça marche....

burgergold

5$? va chez l'diable!

en perl tu as 3 type de conteneur par défaut

le scalar: une variable seule
l'array: un tableau de scalar
le hash: un array associatif (key->value) où key est un scalar et value aussi

suomi

Bon j'avance mais à petit pas...
Merci pour votre participation. pas facile quand on débute

Code :

#/usr/bin/perl
$n=0;
#calcul du nombre de nucleotide ds la sequence
$i=length(<fsource> );
print $i;
print "\n";
#programme
open(fsource,"$ARGV[0]" ); #ouverture du fichier source fsource
open (fnuc,">$ARGV[1]" ); #creation et ouverture du fichier fasta
#print <fsource>; #Test du print OK
#Mise en place de la boucle qui va ecrire ds fnuc les 50 caractères
while ($n<=$i)
{
&collect();
$n=$n+50;
print $n;
}
close fsource;
close fnuc;
######## Fonction COLLECT ########
sub collect
{
#print <fsource>;
sysread(fsource,$paq,49);
#print $paq;
syswrite(fnuc,$paq,length($paq));
syswrite(fnuc,"\n",length(2));
}

Lorsque j'active le print dans la boucle de fsource, rien ne s'affiche.
Lorsque j'active le print de $paq par contre il m'affcihe les 50 premiers caractères.
Par contre:
Lorsque j'active le print dans le programme, il m'affiche tout fsource

En fonction de la position de $i, j'ai soit 0 ou la taille complète en nombre de caractère de mon fichier.

Resultat: je n'ai que les 50 premiers caractères de copié. La fonction n'est pas relancé...

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burgergold

5$? va chez l'diable!

ta fonction collect sert pas à grand chose, pk tu la place pas directement dans ton while?

et ajoute au début de ton script "use strict;"
ainsi que des "my" devant chaque déclaration de nouvelle variable

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