Pour l'install d'apache php et mysql sous windows, linux ou un autre OS, en tant que tel, ces trois logiciels (bien configuré et avec des scripts php trés bien sécurisé) ne poseront pas plus de problémes de sécurité sous un OS par rapport à un autre.
Le probléme, c'est l'OS en lui même. Si tu penses que ton windows sera inviolable pourquoi pas, mais personellement, je n'ai pas assez confiance en windows pour en faire un serveur accéssible depuis internet même avec un bon firewall installé dans windows.