Bonjour
Voilà j'essai de faire un petit outil de traduction de l'ADN, mais voilà ça ne marche pas, maitres du php je réclame votre aide, j'ai dû faire plein de conneries... voici mon script :
 
<?
$sequ=$_POST['sequence']; //renomme la variable sequence
$sequ=strtoupper($sequ); //toute la sequence est mise en majuscule
 
echo "voici la séquence que vous avez entré : $sequ <br>";
 
$code=array("GCT"=>"A","GCC"=>"A","GCA"=>"A","GCG"=>"A","CGT"=>"R","CGC"=>"R","CGA"=>"R","CGG"=>"R",
"AGA"=>"R","AGG"=>"R","AAT"=>"N","AAC"=>"N","GAT"=>"D","GAC"=>"D","TGT"=>"C","TGC"=>"C","CAA"=>"E",
"CAG"=>"E","GAA"=>"Q","GAG"=>"Q","GGT"=>"G","GGC"=>"G","GGA"=>"G","GGG"=>"G","CAT"=>"H","CAA"=>"H",
"ATT"=>"I","ATC"=>"I","ATA"=>"I","TTA"=>"L","TTG"=>"L","CTT"=>"L","CTC"=>"L","CTA"=>"L","CTG"=>"L",
"AAA"=>"K","AAG"=>"K","ATG"=>"M","TTT"=>"F","TTC"=>"F","CCT"=>"P","CCC"=>"P","CCA"=>"P","CCG"=>"P",
"TCT"=>"S","TCC"=>"S","TCA"=>"S","TCG"=>"S","AGT"=>"S","AGC"=>"S","ACT"=>"T","ACC"=>"T","ACA"=>"T",
"ACG"=>"T","TGG"="W","TAT"=>"Y","TAC"=>"Y","GTT"=>"V","GTC"=>"V","GTA"=>"V","GTG"=>"V" );
 
$long=strlen($sequ);
for ($i=0; $i<$long; $i+=3)
{
 $codon=substr($sequ,$i,3);
 $aa=$code[$codon];
 $traduction=$traduction.$aa;
 echo "$traduction";
}
?>

Hellow

plusieurs trucs :
- $traduction est pas initialisée, met un

avant le for(), sinon il arrive sur

alors qu'il n'a jamais entendu parler de $traduction.
- prévois le cas où le $codon de 3 lettres n'est pas présent dans le tableau $code, et affiche au moins un message, d'erreur par ex.
- mets des espaces de temps en temps

Sinon ça a l'air de marcher.

merci de ton aide, mais ça ne fonctionne toujours pas.
Je comprend pas comment définir le $traduction, à quoi sert de mettre $traduction=' ' ? je suis désolé hein, je débute en php

Qu'est ce qui ne fonctionne pas ? qu'est ce que ça fait ?

Pour le $traduction :

Quand tu fais

Tu concatènes la valeur actuelle de $traduction avec la valeur actuelle de $aa, et tu écris le tout dans $traduction, on est d'accord ?

Seulement la première fois où tu arrives dans la boucle, $traduction n'a pas de "valeur actuelle", puisqu'il n'existe pas. Du coup ça peut pas marcher.
C'est pour ça que tu dois mettre $traduction = ''; avant le for. Comme ça $traduction existe, et il a une valeur (la valeur '')

edit: attention c'est bien '' (2 apostrophes = chaine vide, ou "" c'est pareil), et pas ' ' (= une chaine contenant un espace)

ben mon probleme vient de là aussi : je suis sous mac os X et j'ai MAMP comme APACHE,  
et mon souci c'est qu'il n'affiche pas les erreurs quand la page php se charge après la page html, la pge reste blanche...

Alors le problème vient *surtout* de là
 
S'il n'affiche pas les erreurs, c'est soit qu'il les ignore, soit il les logge, bref ; va faire un tour du côté de ton php.ini (fichier de configuration de php), et vérifie déja que "display_errors" est à "on" et que "error_reporting" est à E_ALL.
 
ps: Pour ton info MAMP ça veut dire "MacOS + Apache + Mysql + PHP"

comment tu fais pour ouvrir php.ini?

Tu dois avoir un truc dans MAMP, sinon tu cherches sur le disque dur...

ben je vois que dans phpinfo, le display_errors est sur off mais je ne sais pas comment le modifier...

Bah tu remplaces "off" par "on" et tu enregistres

oui c'est bon j'y suis enfin arrivé malgré mes 2 mains gauches... c'est sur on

Bon alors du coup c'est quoi cette erreur

re salut, l'erreur c'est : Parse error: syntax error, unexpected '=', expecting ')' in /Applications/MAMP/htdocs/tests-php/projet.php on line 7

Je suis désolé de t'apprendre que tu as une erreur de syntaxe à la ligne 7 de ton fichier projet.php, aux alentours d'un signe "="
 
Vérifie tout seul, moi je la vois.

maintenat que j'ai réparé, j'ai ça...
Notice: Undefined index: traduction in /Applications/MAMP/htdocs/tests-php/projet.php on line 10
 
Fatal error: Call to undefined function str_substr() in /Applications/MAMP/htdocs/tests-php/projet.php on line 13

la ligen 10 c'est bon mais la ligne 13 je comprend pas

t'as pas de "str_substr()" ligne 13 ?

si... mais je vois pas le souci, désolé de t'embeter mais je suis un noob en php

ben cette fonction n'existe pas en php...

re bonjour , j'ai encore besoin d'aide pour mon petit script biologique...
en fait j'ai fait un tableau à deux dimensions de cette forme là :  
 

 
donc en fait mon but est de dire que pour chaque acide aminé (càd A,R,N...) quel est le pourcentage de chaque codon qui lui est associé (GCT,GCC,GCA,...)
 
Ce qui donnerait cela :
Dans la séquence que vous avez soumis, les A sont codés à 32% par GCT, à 20% par GCC, etc...
 
donc il faudrait que j'arrive à isoler chaque acide aminé comme un tableau à part avec les codons qui lui sont associés.
 
Mais mon souci c'est que j'ai du mal à parcourir ces tableau et je ne m'y retrouve plus vraiment. Je ne vous demande pas de tout me faire, mais juste de me mettre sur la voie... Merci bcp

s'il vous plait, j'ai vraiment besoin d'aide...

et t'es obligé d'upper au bout de 20 minutes?

Si tu veux te retrouver avec des tableaux du genre :

puis  

puis...
 
tu peux parcourir ton ton tableau avec foreach():
 

 
 
 
par contre je n'ai pas compris pourquoi "les A sont codés à 32% par GCT, à 20% par GCC, etc... "

ben en fait je voudrais que mon programme fasse ça :  
l'utilisateur rentre sa séquence dans le fichier html (une succession de codons) et le prog le convertit en acides aminés. et je veux que pour chaque acide aminé, il me dise combien il y a de codons (en %)

t'aurais un exemple avec ce que l'utilisateur entre, ce que tu connais et le résultat attendu ?

à partir de

je ne comprends pas comment tu détermines que "les A sont codés à 32% par GCT" (mais j'ai sans doute loupé quelque chose).

ben exemple, l'utilisateur rentre : GCTGCCCCTCCCGCG (ça c'est une succession de codons, le programme les sépare 3 par 3), ensuite il y a une traduction en acides aminés : ce qui donne AAPPA
 
Il y a donc 3 fois l'acide aminé A et deux fois le P.
Je voudrais que le programme me dise que A est codé à 33% par GCT, 33% par GCC et 33% par GCG, et que P est codé à 50% par CCT et 50% par CCC. Voilà
 
En réalité les séquences soumises sont bcp plus longue et c'est pour ça que je souhaiterais établir ces statistiques.

je dirais de créer un tableau comme ça :

A à la fin, pour savoir combien de "A" ont été codés par "GCT", il suffit de faire

ça correspond à quoi isset? désolé, je suis débutant

lis la doc?

merci pour ton aide art_dupond, j'ai fait une face pour tester ta solution, en définissant les variables mais il me dit : "Parse error: syntax error, unexpected '{' " qui se situe dans la ligne 13 sur ton exemple, j'avoue que je comprend pas trop...

j'ai oublié une " )" juste avant.