Ca peut pas faire de mal si le fichier est index.php, mais tant que le fichier continu de s'appeller index.html, ça ne sert à rien et c'est même pire (le fichier est envoyé tel quel au navigateur et celui ci ignore tout ce qui est entre <? et ?> ).
En le nommant index.php, ça devrait être bon et normalement le serveur utilisera celui là quand on demandera la racine du site du moins si t'efface le fichier index.html (l'ordre de priorité entre index.html et index.php dépend des réglages du serveur, en général, chez les FAI, c'est l'html qui prime)