Bonjour,
Cela dépend dans quelle mesure tu veux les "comparer", mais si tu souhaites juste regarder la différence en supposant que l'une est le résultat de l'autre après modifications, tu peux utiliser les outils classiques de comparaison de fichiers textes (diff pour ne citer que celui-là).
Il faut juste espérer que les données ainsi exportées par ton sgbd soient triées dans le même ordre, sinon tu vas avoir des différences là où il n'y en a pas forcément.