Si c'est comme pour MySQLAdministrator.exe, il faut se placer dans le répertoire du programme. Je suis pas sur que ca soit faisable avec php ça. Il faudrait alors passer par un script shell ou un .bat intermédiaire.
De toute maniére, avec des commandes comme system ou exec, il faut toujours indiquer où se trouve l'exécutable. Avec certaines versions de php pour certains systémes d'exploitation, il faut même donner le chemin absolut de l'exécutable. (les chemins commencant par autre chôse que "/" ou, sous windows, par lettre ne fonctionnant alors pas)
PS HS : C'est quoi cette nouvelle mode de remonter un sujet non résolut de deux mois d'age pour poser une autre question proche de celle du départ? C'est pas que c'est une mauvaise idée, c'est juste que ca force à réfléchir pour savoir qui a encore besoin d'aide.