Hello..
Hum.. tu leur fait uploader le fichier via un bouton parcourir sur une page web? (input type=file)
Si oui bha il suffit de traiter le fichier lors du submit du formulaire.. a coup de move_uploaded_file, file_get_contents etc.. je vois pas où est ton soucis..
Si par contre le transfert se fait via FTP la tu n'as aucun moyen de savoir qu'un fichier vient d'arriver (à part en rusant avec IE6 et l'include d'une iframe d'une fenetre FTP ou encore en faisant tourner une tache CRON toutes les minutes pour vérifier si ya un fichier à traiter)