Le piège est que la racine n'est pas la racine du disque mais la racine indiquée dans les paramètres du serveur.
L'idéal n'est pas de faire des répertoires par type de fichier (comme ont tendance à faire les débutants en informatique ou quelques bibliothècaires qui classaient les livres par taille au lieu de les classer par thème ou par auteur), mais de faire des répertoires par sujet, lequel peut regrouper une ou plusieurs pages html, fichiers css, fichiers images, etc. Le but est de pouvoir facilement enlever ou ajouter ou sauvegarder ou tester un sujet en copiant un répertoire et ses sous-répertoires éventuels. C'est le concept des modules. L'important n'est pas la boite mais son contenu.
Mais, pourquoi faire compliqué quand on peut faire simple ?
Vous avez moins de mille fichiers. Alors mettez les tous dans le même répertoire et basta !