Ca existe encore le GRAFCET? Norme franco-française un peu dépassée quand même. Et un grafcet sans les graphes associés à la norme française ce n'est plus un grafcet. Il va te falloir un bon nombre d'outils pour tracer correctement les graphes et les mettre en forme avec un moteur de règles: c'est la partie la plus compliquée (que ce soit en Java ou un autre langage).
Maintenant tu peux t'inspirer des outils pour UML (avec modélisation du temps réel) en adaptant la charte graphique (parce que l'UML a une autre norme de présentation).
Tu ne dis pas ce que tu dois simuler: le comportement aussi (exécution/simulation) avec une animation graphique (déplacement de points colorés sur le graphique)? Si c'est l'automate, il n'y a qu'à modéliser les états, et les conditions de franchissement.
(Dire qu'on m'a enseigné le GRAFCET il y a une vingtaine d'année, avec sa charte graphique stricte et très peu lisible sur un schéma compliqué, et que je ne m'en suis JAMAIS servi). La modélisation purement numérique n'est pas trop compliquée si tu mets de côté la partie graphique.
Faut-il que ton automate vérifie la cohérence du schéma (fermeture, complétude, stabilité des états, accessibilité de tous les noeuds, etc.)? Recherche des références sur les grammaires formelles, tu trouveras pas mal d'algos. Sinon si tu ne l'as pas, le livre vert Aho/Seti/Ullmann sur les compilateurs, une référence incontournable citée partout.