Etrange votre problème.
Pour tomcat (5.0.18), j'ai "mysql-connector-java-3.0.8-stable-bin.jar" dans le WEB-INF/lib de mon appli web et ça fonctionne normalement.
Mais je n'utilise pas la déclaration de data-source dans le struts-config.xml, je passe par la config d'hibernate.
Pour Eclipse, il fallait en effet l'ajouter au lib du projet.