Donc tu utilises un environnement Php, c'est à dire que tu as installé PHP comme module dans ton serveur http Apache.
Pour bénéficier de pages dynamiques écrites en java tu dois installer un serveur d'application,
il y en a plusieurs, Tomcat par exemple.
Et configurer (conf Apache) un connecteur de Apache vers ton serveur d'application, il s'appelle mod_jk pour Tomcat.
A noter que un serveur d'application peut travailler sans serveur http (Apache) car ils ont des serveurs http embarqués (mais aux fonctions limités),
mais c'est une bonne chose d'utiliser Apache en "facade",
parce que Apache fait très bien le boulot de serveur http et permet des configurations sophistiqués.
Les logs des serveurs d'applications java sont basés en général sur l'outil Log4J.
je suppose que les logs php ressemblent à du log java / log4j, mais je ne sais pas.
Tu bénéficies de toutes les commandes bash et shell sur le serveur ou est installé le serveur d'application Java
(un serveur unix reste un serveur unix).
A noter qu'il n'y a pas de fonctions dans le langage java tel que le shell_exec php, mais on peut développer des appels de scripts shell en java.