ce que j'en pense c'est qu'a mon avis, il vaut mieux commencer par monter un site sans javascript ou du moins très peu, et une fois que ça fonctionne, y rajouter la couche de javascript pour faire beau, pour simplifier la navigation etc...
pour ma part, sur le dernier site que j'ai fait, la ou je veux mettre du js, je récupère le href des liens et utilise les données get pour faire ma requete ajax, ce qui fait qu'il y a quasi rien à modifier dans le html pour rajouter la partie js et pour ceux qui n'ont pas de js, ça change rien et du coup c'est aussi bien pour le référencement puisque ça garde les liens classiques
Le javascript reste quand même super utile pour rendre la navigation plus sympas alors autant s'en servir, c'est pas comme si seulement 1% des gens avait js activé .
J'ne ai abusé sur la parti admin de mon dernier site et niveau simplicité y'a pas à chier, c'est fantastique le js, pas besoin d'attendre trois plombe que la page se recharge quand on supprime une photos, j'ai aussi fait un drag&drop pour trier des photos dans un album etc...
après ça dépend aussi du contenu, une galerie photo c'est l'endroit idéal pour abuser du js
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