En fait le mieux je pense est que ton script JS ne soit pas contenu dans le fichier JS mais dans le fichier HTML ou plutot PHP, sinon ca t'oblige soit a passer ttes tes variables dans l'url en GET comme dit chacal mais si tu as un menu enorme c pas top, soit à dire au serveur que les fichier JS doivent etre interprété en PHP, faire la requete de recuperation des noms en amont du JS (au niveau du PHP), et ensuite ecrire ton menu dans le JS.
Si tu veux faire un truc "propre", fais une fonction PHP qui generera ton menu en JS et l'ecrira dans le HTML.
Corrigez moi si je me trompe...