Ca depend du popup, s'il s'agit d'un div "flottant" (en position: absolute) tu peux changer la transparence en jouant avec les selecteur opacity ou ses équivalents plus ou moins normalisés (filter: alpha pour IE par exemple) et des setTimeout/setInterval adèquats.
S'il s'agit par contre d'un popup style fenetre, on va dire que c'est pas possible.
Ceci dit, ya plein de lib JS (jQuery, mooTools, etc..) qui font se genre d'effets pour toi.
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