Puisque c'est dans le cadre d'un stage et que c'est l'occasion d'appendre des choses je dirais qu'il faut éviter de réinventer la roue et regarder du côté des model-view-controllers (http://en.wikipedia.org/wiki/Model-view-controller et http://fr.wikipedia.org/wiki/MVC). Il existe pas mal de frameworks qui permettent de séparer proprement la couche de présentation, le modèle de données et la façon dont s'enchâinent les choses. Le lien wikipedia est plus complet en anglais, il y a notamment une liste de MVC pour PHP).
Maintenant ça dépend aussi du site... Si ce sont trois pages pour afficher une liste de numéros de téléphones c'est pas forcément nécessaire. Mais si c'est un site plus important qui doit être parfaitement structuré, dont la durée de vie sera relativement longue, qui devra évoluer, sur lequel d'autres personnes seront aménées à travailler, etc. une solution standard, éprouvée et _documentée_ me semble indispensable.