A l'époque de MS-DOS, il y avait un fichier nommé "AUTOEXEC.BAT" qui était lancé automatiquement au démarrage de la machine. Il stockait à l'intérieur un série d'appel à des programmes résidents (connectivité réseau, gestionnaire de mémoire et de cache disque, drivers CD et autres). Mais surtout, il définissait un certain nombre de variables d'environnement.
Ce fichier a longtemps été hérité sous Windows NT (XP est un WINNT) sous le nom de "autoexec.nt" situé dans le répertoire "system32" de Windows.
A priori, VS6 a besoin de ce fichier pour retrouver des paramètres. Hors, vu que ce fichier n'est plus censé être utilisé depuis Windows NT 4.0 (replacé par la base de registre et les fichiers de Windows (win.ini, system.ini, etc.) sans le SP2 de XP, ils l'ont supprimé.
Donc à priori, il suffit de le recréer, rebooter pour que Windows le prenne en compte, et ça devrait marcher.
Ensuite, tu pourras le supprimer.
PS: normal que VS6 l'utilise, il date de Windows NT 3.51...