aucune différence. au lien d'écrire du HTML, tu écris du JS. Mais garde à l'esprit que le javascript ne doit pas être utilisé pour un quelconque contrôle de donnée. Il faut tout gérer au niveau du PHP. JS est là juste pour l'ergonomie de ton application.
Dans ton cas, avant de supprimer un cours, tu fais les contrôles nécessaire en PHP. Et tu affiche un message d'erreur (pas de js) le cas échéant.
Ou mieux, à la création de la page, tu détermine lesquels peuvent être effacé, et là tu peux créer des liens différents et utiliser du JS. Tout en gardant à l'esprit que comme c'est aisément contournable, un double contrôle (sur le serveur) devra être effectué.