Salut,
Je ne travaille pas encore sur MOSS2007 mais SPS2003 , par contre j'ai eu l'occasion de regarder et ça a l'air vraiment bien.
D'aileurs je te conseille de regarder les Master Pages, une nouvelle fonctionnalité de MOSS 2007.
On peut les modifier entre autres avec Sharepoint Designer ou Visual Studio. Cela permet de modifier complètement le look d'un portail sans avoir à refaire chaque page. C'est là que tu vas pouvoir positionner tes éléments de navigation, des logos, etc. : les éléments communs à toutes les pages. Ce peuvent être des éléments dynamiques (i.e. web parts)
De plus tu peux utiliser des Master Pages différentes selon les parties du portail.
Ensuite tu as le niveau Page Layouts pour changer la manière dont les web parts peuvent se positionner (composition lignes/colonnes)