Pour revenir à la question:
Oui il est possible de développer en C/C++ avec mingw/cdt/eclipse.
Ton problème viens certainement des chemins d'accès aux fichiers non défini (librairies [.a, .lib], en tête [.h, .hpp])
Un seul conseil essaie DEV-C++, tout est déjà configuré, installé et GSL est me semble t'il dispo comme package à installer