Ah oui tiens, je n'avais pas fait attention pour le numero de version.
En général, on peut comme tu le dis modifier l'installeur, mais il vaut mieux savoir ce qu'on fait dans ces cas la, afin d'éviter les problèmes.
Je n'y connais absolument rien en C, donc je ne pourrais pas te dire si c'est simple ou non. Tu dois pouvoir trouver des ressources la dessus en cherchant un peu (essaye le mot-clé "system tray" = barre des taches).
Mais si tu es débutant, ca ne va pas etre une mince affaire.
A mon avis, le plus simple est de voir du coté des programmes comme celui ci, qui ont l'air de faire ce que tu demandes.