La façon habituelle de faire (celle que j'ai vu en tout cas), c'est de justement ne pas le mettre dans le makefile.
En fait, tu utilises un script shell qui recherche les libraires curses utilisées, et qui produit un fichier à inclure dans ton Makefile.
Avec certaines versions de Make (la Gnu en particulier), tu peux automatiquement inclure une dépendance de ce fichier vers l'exécution de ton script shell.
Maintenant, comment faire pour savoir lesquelles sont installées ? J'en ai à priori aucune idée. La façon naïve serait sans doute de tester les lieux d'installations classiques (/usr/lib, /usr/local/lib, etc.) Ou bien de faire comme l'outil autoconf : avoir un petit programme que tu essayes de compiler (dans ton scripts shell) de multiples façons pour voir laquelle fonctionne...