Heu, RK est un schéma numérique de résolution d'équations aux dérivées partielles, je pense qu'il n'a pas mis son problème sous forme d'EDP...
Pour ton problème de collision, c'est (je pense) parce que deux particules sont de plus en plus attirées l'une vers l'autre en se rapprochant (loi en 1/r2 que tu as dû utiliser si je me souviens des cours de lycée), donc elles finiront au même endroit si ta grille est grossière, et là la force devient 'infinie' donc elles risquent pas de se séparer : il faut que tu enregistres les coordonnées de tes points comme des double, et non comme des entiers pixel, tu convertis juste pour l'affichage.
Pour la collision (distance entre les deux éléments inférieure à un seuil fixé), tu as deux possibilités :
1) faire un choc élastique (rebond) : symétrie des vitesses par rapport au plan de collision (si elles ont la meme masse)
2) fusion : une seule particule de masse somme
Bon courrage