L'atoll de Clipperton aurait été découvert par Magellan lors de son tour du monde. Le nom de l'île vient de l'année 1704 où le corsaire William Dampier débarqua le pirate anglais Clippington alias Clipperton sur l'île déserte. En 1711, deux navigateurs français, de Prudhomme et du Bocage, la rebaptisent "Île de la Passion". La compagnie américaine d'exploitation du guano revendique l'île en 1856 pour les Etats-Unis et se dispute avec le Mexique qui désire également exploiter le guano de Clipperton. C'est le 17 novembre 1858 que la France prend possession de Clipperton.
En 1897, des militaires mexicains s'installent sur l'île de Clipperton. En 1906 la Compagnie britannique des îles du Pacifique achète les droits d'exploitation du guano de Clipperton. Quelques installations sont alors construites (un phare, des baraquements, des rails...). D'autres militaires mexicains sont envoyés sur l'île. Régulièrement, un bateau mexicain vient ravitailler la centaine de personnes (les militaires et leurs familles) qui vivent sur l'île.
Alors commença une bien triste histoire : ce même navire ne revint plus sur l'île à cause de la révolution qui avait lieu au Mexique. En 1915 la plupart des habitants de l'île étaient morts. Le gouverneur mexicain de l'île refusa aux survivants de quitter l'île par bateau prétextant que cela n'était pas nécessaire. En 1917, la plupart des Mexicains étaient morts. Le gardien du phare, Alvarez, fut le dernier homme vivant sur l'île avec une quinzaine de femmes et d'enfants. S'autodéclarant "Roi de Clipperton" il infligea aux femmes des sévices sexuels. Une nuit, alors qu'il dormait, celles-ci le tuèrent à coups de marteau. Le lendemain même, un bateau américain, le USS Yorktown, qui venait vérifier s'il n'y avait pas de sous-marin allemand caché dans le lagon de Clipperton découvrit les quelques survivants de cette sinistre tragédie, trois femmes et deux enfants.