en fait le mode protege ne se met pas en place sur un cd, le code est sur le cd, mais tout est en memoire, tu travail plus en memoire que sur le cd ou la disquette,
pour un cd, pour la norme "el torito"(recherche par la), la taille d'un secteur est de 2048 et non de 512. la signature est pratiquemement la meme. Donc ton bootloader ne fait plus 512 mais 2048 (tu dois donc le remplir comme tel) ensuite pour le mettre sur CD, on legrave pas automatiquement, on cree une image de cd (tjr en programamtion, c'est cela qui est interessant, car tu vois comment sont en general les image bin ou iso)
une fois ton image crée tu peut le graver sur cd, il devient alors bootable.