La fenêtre API ?
Est-ce que c'est la console, la boite DOS ?
Quoi qu'il en soit pour qu'une fenêtre ne soit pas visible, il faut lui spécifier un paramètre d'invisbilité lors de son lancement. Mais comme il existe mille et une manières de démarrer une fenêtre, il faudrait nous montrer quel code est utilisé actuellement.