bien configuré ton fichier config pour wine ? c'est quelles DLL qu'il te demande (regarde si tu as bien mis où il fallait ) ?
pour lancer ton Q3, essaye ça peut-être :
dans un shell :
cd /usr/share/wine-c (si c'est bien ton répertoire wine du lecteur win C: émulé)
cd quake3 (enfin ton répertoire Q3 quoi...)
wine --winver win98 quake3.exe
dans mon cas ça marche impecc... ça peu peut-être venir de tes drivers vidéo, mais c'est étonnant... regarde le message dans la console de déboggage s'il t'en affiche une