Tu démarres sur ton cd (de Mdk ou Debian, j'ai pas compris là). Normalement, tu devrais avoir une option pour réinstaller Lilo.
Dans tout les cas, à l'installation, ils te proposent de créer une disquette de démarrage ... C'est pas pour rien ...
Sinon, tu peux aussi démarrer sur ton cd, tu passes dans une des consoles disponibles, tu chroot sur ta partition, et tu relance lilo ... (tout dépend de tes connaissances en Linux en fait)