Bon, je commencerais par le traditionnel, chezmoiçamarche (et je suis loin d'être le seul).
Tout d'abord, ton problème t'arive-t-il uniquement sous X ou en console aussi?
Pour X, vérifie bien que tu as dans ton /etc/X11/xorg.conf
Option "XkbLayout" "fr-latin9"
En console, dans ton /etc/rc.d/rc.keymap :
/usr/bin/loadkeys fr-latin9.map
Bon courage.