En fait, la seule différence (mais elle est de taille !), c'est que sous linux, l'acces au bureau visible sur le moniteur (typiquement le display :0) est bloqué par défaut.
VNC donne par contre l'acces à autant de bureau (display :1, :2, etc) que l'on veut.
Le problème se pose lorsqu'on souhaite acceder à une application particulière lancée sur :0.
Si je me souviens bien (je suis passé par là), il suffit d'ajouter les lignes suivante dans le XF86Config :
dans la Section "Module" :
Load "vnc"
et dans la Section "Screen" :
Option "passwordFile" "/chemin/vers/le/fichier/passwd"
Il faut aussi créer le fichier de password avec vncpasswd
L'acces se fait ensuite sous windows en demandant l'acces au serveur VNC sur le port 5900 + n°_du_display (il me semble, pour le 5900)