sauve ton /home, ton /etc, et la liste de tes paquets... ca suffit dans la pluspart des cas...
quand tu reinstalle, prend les fichier de /etc qui t'interessent, pas tous, et utilise les pour refaire les nouveaux, pareil avec le liste des paquets. pour le /home, tu le met sur une partition séparée si tu ne l'avait deja pas fait et tu le laisse tel quel. ca devrait suffire pour les changements.