Ça m'a fait un truc étrange de ce genre il y a peu, lorsque j'avais configuré la résolution de mon écran avec "Appliquer les paramètres au démarrage de KDE". En fait Xorg me mettait une résolution de 1920x1440 (le max de mon écran) et dans KDE (c'est sûrement pareil avec Gnome) je l'avais réglé à 1280x1024.
Du coup j'ai forcé la résolution dans Xorg à 1280x1024 et depuis ça me le fait plus...
Edit: et bien sûr j'ai décoché le "Appliquer les paramètres au démarrage de KDE"