Tu veux desinstaller linux complètement ou juste modifier ton boot loader ? Dans le premier cas, formatage + fixmbr comme indiqué. Dans le deuxième ça dépend si tu as grub ou lilo. Sous grub il te suffit de modifier ton /boot/grub/menu.lst et de changer le paramètre "defaut=x" pour que x corresponde à la config que tu veux lancer. Sous lilo il faut aussi modifier le fichier de conf (lilo.conf si je me souviens bien), mais il faut le reinstaller ensuite (ce qui se fait simplement en tapant lilo jesaispluquoi, cf man).
Ou alors j'ai pas compris la question ?