Second point a vérifier : cherche tu a faire fonctionner le driver déjà en place avant l'installation de la seconde carte ou as-tu pensé a réinstaller le drivers ? (si le kernel trouve la carte, alors elle est bien init, mais c'est pas pour ça que le module va bien la prendre en charge)
Troisième point a vérifier : Ton xorg est configuré comment ? (xorg.conf pour toute la distro dans /etc/X11/xorg.conf ou xorg par utilisateur ?)
En principe une règle est de mise :
1 carte graphique = 1 device a déclarer dans xorg
L'idéal ici est que tu me donne ton xorg si tu n'a pas de connaissance et ton lspci -vv.
Autrement tu peux aisément partir sur http://doc.ubuntu-fr.org/xorg : il te suffit si la section n'existe pas de rajouter le device correspondant a la carte que tu n'arrive pas a configurer.
Dans le pire des cas tu peux tenter l'utilitaire de configuration automatique de nvidia (sudo nvidia-xconfig ou bien nvidia-xconfig en root non sans avoir oublié de sauver la configuration xorg de base).