ce qui est important, c'est de savoir sur quel disque dur tu as installé chaque OS.
Si tu as installé linux sur le primary master (celui sur lequel va etre lu le secteur de boot), et win sur le slave ou secondary master, bah le secteur de boot de win, puis celui de linux (lilo ou grub) ont été écrits sur le disque où linux est installé, donc forcément si tu déconnectes ce disque, il peut pas lire de secteur de boot sur ton disque win.
Dans le 2ème cas, si c'est l'inverse (win sur le 1er disque, linux sur le deuxieme), alors j'imagine (mais j'en suis pas sur) que le secteur de boot de ton primary master doit certainement dire "hey faut que t'ailles voir mon pote lilo qu'est installé sur le 2ème disque", mais puisqu'il ne le trouve pas, ça affiche des merdes.
Si tu as installé linux sur ton 1er disque, et windows sur ton 2ème disque, je pense que tu peux faire sans risque (uniquement lorsque ton disque avec linux n'est pas master) un boot avec une disquette, puis taper fdisk /mbr, pour réinitialiser le secteur de boot du disque.