Y'a de grosses chances que ton /tmp soit monté dans un tmpfs, cad un systéme de fichiers stockés en RAM. Forcément, au reboot, y'a plus rien.
Ce ne sera pas le cas des autres dossiers.
Pour Iptables, il faut tout rentrer dans un script que tu lances au boot. C'est une question assez récurrente, tu trouveras facilement de la doc la dessus.