J'ai eu le même problème avec de tout petits fichiers de données dans des install de jeux. Comme l'espace pris était faible j'ai laissé trainer les disgratieux répertoires presque vides. Le disque n'avait bien entendu rien du tout, lorsque plus tard j'ai recomposé mes partitions, tout est rentré dans l'ordre (la partition contenant le fichier ayant sauté au passage).
Maintenant mon expérience ne signifie pas qu'il faille forcément formatter, je ne le pense pas. Ca doit être le filesystem qui a pris un coup (lors d'un plantage par exemple), peut-être qu'en cherchant du côté des outils d'admin/réparation de filesystems tu trouveras ton bonheur.