Certes le NTFS est "légèrement" moins performant que la FAT32 mais en contrepartie c'est un système de fichier sur sécurisé aussi bien en terme de sécurité pure (avec des notions de droits...) qu'en terme d'intégrité des données lues et ecrites.
Par contre une partition NTFS ne peut pas etre "attaquée" a partir d'un windows 9X sans add-on. Et lorsque qu'on a un crash sur une partition NTFS, on perd generalement toutes les données qui sont dessus. Alors qu'en Fat32, il existe qq tools permettant de recuperer (pas tjs) une partie des données.