Je parle pour les shuttle que je connais le mieux et qui est le pionnier (et le leader) de ce marché (le plus cher aussi)
un mini PC c'est un boîtier aux alentours de 20litres max avec une CM (avec circuit audio 5.1 minimum depuis peu 7.1 - quelquefois une chipset graphique), une alim (de qualité pour shuttle- ma config en 200W fait tourner une 6800+P4+2DD) et la plupart du temps (toujours pour shuttle) un ventirad pour le cpu (sous forme de rad+pipe+ventilo)
A éléments équivalents (même chipset sur la CM par exp.) un mini pc coûte 50 de plus qu'une config moyenne tour (avec bien sûr une alim correcte, pas une bouse).
Avantage: facile à transporter, tout est déjà branché pour un premier montage entre l'alim/le boitier/la cm, système de refroidissement prioritaire donc bien pensé (surtout sur les derneirs modèles shuttle), facilement recyclable en divxbox, certains modèles avec écran pour DVD/mp3 ordinateur éteint (MSI 865, asus spresso)
Désavantage: peu évolutif (tu ne peux pas changer de CM pour passer de l'AGP au PCI-e), moins de baies 5 1/4 et 3 1/2 (tu peux quand même plusiseurs DD pour le Raid), pas les meilleurs pour l'o/c (tu ne peux pas changer le ventirad sauf par du watercooling)
Néanmoins certains mini PC type Antec Aria sont vendus sans CM (format micro ATX.
Après c'est bcp une question d'esthétique, d'encombrement et de goût.