Alors, premier point :
Chaque vitesse de port PCI Express a un connecteur physique qui correspond (plus ou moins long, mais toujours fait pour assurer une compatibilité ascendante et descendante).
Donc un port PCI Express 4x sera plus long qu'un port PCI Express 1x, et moins qu'un 16x. Mais tu peux brancher ta carte graphique (en PCI Express 16x) sur n'importe lequel de ces 3 ports. Par contre forcément tu n'auras pas la meme bande passante disponible.
Ensuite,
Dans l'idéal, on câble un port PCI express avec le même nombre de lignes que son format physique (donc un 16x avec 16 lignes, un 4x avec 4 lignes, etc etc).
Ca c'est dans l'idéal. En pratique ton chipset a une bande passante limitée et il n'est pas possible par exemple de maintenir 2 ou 3 ports PCI Express 16x.
Dans ce cas, il est courant que si tu branches simultanément des périphériques sur les 2 ou 3 ports PCI Express 16x de ta machine, il n'y ait que 8 lignes sur les 16 qui soient activées pour le transfert de données, sur ces ports.
Pour simplifier, il faut juste imaginer que ta carte mère a un certain nombre de lignes (genre 30 par exemple) et qu'elle les alloue en fonction de tes périphériques.