ben j'ai eu longtemps sur un seul disque, en plus (!) Me et 2000, avec en premier, Me en Fat, et apres 2000 en ntfs, et ca n'a jamais problémé, j'avais le choix au démarrage.
Mais il semble déconseillé d'installer un NTFS en premier, puis un Fat ensuite, car le système en fat bouffe le MBR du systeme NTFS, et tout le monde cherche ses petits dans ce joyeux bordel.