Le FW800 n'existe quasiment que sur les Mac. Ensuite pour la vitesse, ça dépend surtout du contrôleur, et en général le firewire 400 est plus rapide et plus fiable que l'USB2, idéal pour un DD.
Mais bon, comme la compatibilité est intéressante pour un DD externe, et que tous les PC disposent d'USB et pas forcément de FW, l'USB a aussi ses avantages. Pour ma part, je n'ai pas choisi, j'ai un boîtier USB2+FW.