il faut vérifier l'ordre de priorité de boot dans le bios... j'ai eu un pb récemment, mais un peu différent.
mon pc boote sans pb sur le dd ide, avec des dd en raid 1 sur le contrôleur raid, et un dd en sata.
mais impossible de booter sur les dd raid (ide normal débranché) avec le dd sata branché, mais ok sans le sata.
je ne sais trop comment cela se faisait mais le sata était prioritaire sur le raid dans le bios...
le sata est souvent considéré comme du scsi (ou contrôleur autre que ide de base en fait), donc il ne faut pas que cette option scsi apparaissent avant ide ou hdd0 ou autre dans les priorités de boot.