Tu as fait quoi exactement ? Tu as créé une partition étendue qui bouffe toute la place et tu y as créé 2 partitions (ou lecteurs) logiques ? Si c'est le cas et que tu as au moins 1 partition NTFS dans tout ça, Windows créera cette partition logique de 8 Mo pour gérer je ne sais trop quoi qui soit relatif à la gestion de ces partitions NTFS. Probablement pour des trucs de sécurité ou de backup.
Si tu crées des partitions FAT32, tu n'auras pas ce problème.