C'est chelou.
Dual boot?
Peut-être une incompatibilité entre tes deux systemes d'exploitation?
Mais si ça fonctionnait bien avec cette config jusque là, ce serait quand même un peu bizarre.
Tu défragmentes de temps en temps?
Si t'as vraiment surchargé ton disque, fait du Emule à fond les manettes, jamais nettoyé ton cache internet explorer, plein de fichiers temporaires, 2Go de ram+la gestion du fichier d'échange laissée à Windaube, et que tu n'as jamais défragmenté, cela pourrait être une explication plausible.
Sinon, checke ta machine avec un bon antivirus (je te conseille Antivir, c'est un freeware qui marche nickel http://www.free-av.com/).
Enfin, si rien de tout ça, vérifie peut-être aussi ta connectique (nappes, alimentation du DD).
Bonne chance...